computation m = … 

ne peut pas fonctionner puisque computation à la type Reader … donc ne prend pas d’argument: tout est encapsulé dans la fonction runReader.

La magie provient de >>= qui, d’après ta définition, construit un nouveau reader en chaînant et décapsulant la première monade et la continuation (k): on applique la fonction contenue dans Reader  avec (runReader m r), on produit une nouvelle monade en applicant k, on décapsule cette deuxième monade avec le descend appel à runReader. Tout ça est une fonction qui est encapsulée dans un Reader, donc qui devient le champ runReader de Reader. 

Donc pour répondre à tes questions:

Q1: la fonction est un champ de Reader accessible avec runReader :: r -> a, donc tu extraies cette fonction du reader, et ensuite tu peux lui passer un argument.

Q2: cf. le chaînage ci-dessus. Le MyState est passé lors de la première invocation à runReader qui va dérouler la “computation”

Q3: pareil.

Le “principe”de reader et de beaucoup de code monadique est de construire des expressions, qui ne sont évaluées qu’au toplevel, en passant un argument à runXXX pour “démarrer” la chaîne de calcul. IO est un cas particulier qui démarre par l’appel à main. Tu ne peux pas (sauf magie) extraire une valeur de IO, alors que tu peux extraire une valeur (une fonction) depuis un Reader.